畸形精子过多不会直接导致孩子畸形。胎儿畸形主要与染色体异常、遗传因素或孕期环境暴露有关，精子形态异常仅影响受孕概率。
精子形态学评估中，正常形态精子比例低于4％被定义为畸形精子症。畸形精子可能因头部、颈部或尾部结构异常导致运动能力或受精功能下降，但这类精子通常难以完成自然受精过程。即便异常精子成功受精，胚胎发育过程中存在多重质量监控机制，严重缺陷的胚胎往往在早期自然淘汰。
染色体数目或结构异常是胎儿畸形的首要原因，如21三体综合征、18三体综合征等。父母任何一方存在染色体平衡易位等异常时，可能增加胎儿染色体异常风险。孕期接触致畸物质也是重要诱因，妊娠早期暴露于辐射、重金属、某些药物或病毒感染可能干扰器官发育。母亲患未控制的糖尿病、甲状腺疾病等代谢性疾病，或叶酸等营养素严重缺乏，也可能增加胎儿神经管缺陷等畸形概率。
备孕男性应避免长期处于高温环境，减少桑拿、紧身裤等可能影响阴囊温度的行为。戒烟限酒可降低氧化应激对精子DNA的损伤，每日补充含锌、硒、维生素E的坚果类食物有助于精子膜稳定性。每周保持150分钟中等强度运动，但需避免长时间骑行造成的会阴压迫。存在精索静脉曲张等病变时，显微结扎手术可改善睾丸生精环境。
计划怀孕前3个月起，夫妻双方应共同进行孕前检查，男性需完成精液常规分析和形态学检测。日常注意规律作息，保证7-8小时睡眠，避免凌晨1-3点睾丸生精活跃时段熬夜。减少塑料制品使用，双酚A等环境雌激素可能干扰内分泌。女方怀孕后需按时进行NT超声、唐氏筛查等产前检查，孕中期羊水穿刺等诊断技术可准确判断胎儿染色体状况。保持均衡饮食，每日摄入300g深绿色蔬菜补充叶酸，海产品每周2-3次补充DHA，全谷物占主食三分之一保障B族维生素供应。